Misija je Hrvatskog muzeja naivne umjetnosti da prikuplja, istražuje, interpretira, valorizira, prezentira i promovira sve oblike umjetnički relevantnog samoukog stvaralaštva: naive, autsajderske umjetnosti i art bruta.
Vizija je Hrvatskog muzeja naivne umjetnosti da su naiva i drugi oblici umjetnički relevantnog samoukog stvaralaštva prepoznati i etablirani, i u struci i u široj javnosti, kao vrijedan dio hrvatske i svjetske umjetničke i kulturne baštine.
Kolekcija Hrvatskog muzeja naivne umjetnosti danas broji 1936 muzejskih predmeta, organiziranih u osam zbirki: slikarstvo, skulptura, crteži, grafike, grafičke mape, primijenjena umjetnost, bibliofilska izdanja i fotografija. U kolekciji su najbrojnija djela hrvatskih umjetnika, no Muzej posjeduje i respektabilnu zbirku djela inozemnih autora. Kolekcija je formirana otkupima i donacijama djela. Dosadašnja sakupljačka politika najviše se fokusirala na sakupljanje djela klasika hrvatske naive, Hlebinske škole i nezavisnih autora te su ta područja relativno dobro zastupljena u fundusu (ovisno o svakom pojedinom autoru). Kolekcija obuhvaća i vrijedna djela pripadnika Udruženja umjetnika Zemlja, važnih za povijesni kontekst pojave naivne umjetnosti u Hrvatskoj.
Hrvatski muzej naivne umjetnosti, sa svim svojim stručnim i znanstvenim potencijalima, namjerava nastaviti djelovati na interpretaciji, valorizaciji i popularizaciji fenomena naivne i autsajderske umjetnosti, odnosno samoukog umjetničkog stvaralaštva, kako bi se taj izniman segment hrvatske umjetničke baštine etablirao i potvrdio kao vrijedan interesa domaće i svjetske kulturne javnosti.
U obavljanju muzejske djelatnosti Hrvatski muzej naivne umjetnosti:
- prikuplja muzejsku građu i muzejsku dokumentaciju o naivnoj umjetnosti, autsajderskoj umjetnosti i art brutu u skladu sa svojom misijom i politikom skupljanja
- čuva muzejske predmete u odgovarajućim uvjetima i štiti cjelokupnu muzejsku građu, muzejsku dokumentaciju u svrhu obrazovanja, proučavanja i uživanja u skladu s propisima o zaštiti i očuvanju kulturnih dobara
- vodi propisanu muzejsku dokumentaciju o muzejskim predmetima, zbirkama i aktivnostima Muzeja
- organizira stalne i povremene izložbe
- organizira istraživanja, izdavačku djelatnost, predavanja, konferencije i stručne skupove te priređuje edukativne aktivnosti i radionice
- podržava i organizira umjetnička i kulturna događanja u okviru svoga djelokruga
- osigurava da poslove upravljanja muzejskom zbirkom obavljaju stručni muzejski djelatnici u skladu sa standardima
- osigurava dostupnost zbirki u obrazovne, stručne i znanstvene svrhe
- osigurava prihvatljivo okruženje za javnost i dostupnost građe
- provodi digitalizaciju muzejske građe
- obavlja reviziju muzejske građe u muzeju i dostavlja o tome izvješće ministarstvu nadležnom za poslove kulture i osnivaču
- obavlja procjenu povijesne, znanstvene, umjetničke i tržišne vrijednosti muzejske građe za potrebe upravljanja imovinom, za osiguranje i otkup
- izrađuje stručna mišljenja, vještačenja i elaborate o muzejskome predmetu, građi, zbirci o kojoj se skrbi
- organizira izradu i prodaju suvenira i predmeta te izdavanje i prodaju publikacija tematski vezanih uz fundus i program Muzeja
- obavlja i druge djelatnosti u skladu sa Zakonom o muzejima i posebnim zakonom.