Hrvatski muzej naivne umjetnosti nastao je iz zbirke Seljačke umjetničke galerije, osnovane na sjednici upravnog odbora središnjice Seljačke sloge 7. travnja 1952, a otvorene 1. studenoga 1952. na adresi Socijalističke revolucije 17 u Zagrebu. Seljačka umjetnička galerija je 1956. preimenovana u Galeriju primitivne umjetnosti, pod kojim nazivom 17. veljače 1959. ulazi u sastav Gradske galerije suvremene umjetnosti. Gradska galerija suvremene umjetnosti preimenovana je 1961. u Galerije Grada Zagreba. Galerija primitivne umjetnosti se u veljači 1964. seli na adresu Sv. Ćirila i Metoda 3 u Zagrebu.

Hrvatski muzej naivne umjetnosti osnovan je prema Zakonu o Hrvatskom muzeju naivne umjetnosti 25. veljače 1994. i pravni je sljednik Galerije primitivne umjetnosti, stručne jedinice u sklopu Galerija Grada Zagreba, čija su oprema, muzejska i druga građa u vlasništvu Republike Hrvatske. Hrvatski muzej naivne umjetnosti od osnivanja nastavlja djelovati u prostoru na adresi Sv. Ćirila i Metoda 3.